Включение в систему ONCOCIN нового протокола влечет за собой формирование иерархии, которая представляет его компоненты, связывание подходящих порождающих правил с новыми объектами и заполнение таблицы конечных состояний, которая определяет порядок назначения определенных компонентов курса лечения. Программа OPAL формирует элементы нового протокола в процессе "собеседования" с экспертом с помощью средств графического интерфейса. При этом полученные знания преобразуются сначала в промежуточную форму представления, а затем транслируются в формат, используемый в системе ONCOCIN. На последней стадии формируются соответствующие порождающие правила. Для упрощения реализации промежуточных стадий, трансляции и формирования порождающих правил в программе OPAL используется модель предметной области лечения онкологических заболеваний, о которой и пойдет речь ниже.
В модели предметной области можно выделить четыре основных аспекта, которые явились следствием применения онтологического анализа, как отмечалось в разделе 10.1.3.